Bij het uitbreken van de oorlog is het wantrouwen tegenover de niet-Belgische Joden zeer groot. Tijdens de drôle de guerre – de periode tussen de Duitse inval in Polen van september 1939 en de invasie in België van mei 1940 – dringt koning Leopold III persoonlijk aan op maatregelen tegen de Israëlische vreemdelingen, omdat zij als ‘agenten van subversieve propaganda’ een gevaar zouden vormen voor de Belgische neutraliteit.
Bij de inval van de Duitse legers laat de Belgische staatsveiligheid onmiddellijk enkele duizenden vreemdelingen en mogelijke sympathisanten van de vijand arresteren en naar Frankrijk voeren. In de praktijk maken de Joden het grootste deel van de weggevoerden uit, want de Belgische autoriteiten vinden het niet nodig een onderscheid te maken tussen slachtoffers en aanhangers van het nazisme. Op de drieduizend mensen die in Antwerpen aangehouden worden wegens ‘verdacht’, zijn er vierhonderd Duitsers en vijftig Vlaams-Nationalisten: de overigen zijn Joden afkomstig uit het Groot-Duitse Rijk. Voor deze laatsten gaat het om het tweede gedwongen vertrek op enkele jaren tijd. De Antwerpenaar Gert Lilienthal herinnert zich in zijn memoires: ‘Het was alvast een zware morele slag voor hen die omwille van het nazi-bewind uit Duitsland waren gevlucht. Dezelfde regering die Europa nu weer in een oorlog gedreven had, had ook ons leven bedreigd en onze familie uit elkaar gerukt.’ Zijn vader, uitbater van een bekende confiserie op de Belgiëlei, wordt in die meidagen naar Frankrijk gedeporteerd. Hij en zijn familie zullen elkaar nooit meer terugzien. Vader Lilienthal komt in een kamp terecht nabij het Zuid-Franse Perpignan, dat later bij het collaborerende Vichy-regime wordt ingedeeld. Vanaf 1942 wordt deze groep uit België weggevoerde Joden het slachtoffer van de deportaties. Tussen 1942 en 1944 worden in totaal meer dan vijfduizend uit België afkomstige Joden via Drancy naar de uitroeiingskampen in het oosten weggevoerd.