De moderne evolutietheorie denkt niet in termen van afgebakende soorten, maar in termen van populaties van organismen en bepaalde statistische tendensen in een populatie. Tot overmaat van ramp speelt evolutie zich af op een tijdschaal die voor ons compleet onbevattelijk is. Veel mensen zijn dan ook geneigd om de vele ingenieuze adaptaties in de natuur als een product van intelligent ontwerp op te vatten.
De cognitieve weerstand tegen de evolutietheorie maakt duidelijk dat onze hersenen niet uitgerust zijn om aan wetenschap te doen, wel om met de specifieke ecologische problemen om te gaan waarmee onze voorouders kampten. We bezitten geen garantie dat ons brein even betrouwbaar is in domeinen die verder van deze evolutionaire leefomgeving staan of die een minder directe invloed uitoefenen op deze fitness. We positioneren ons vrij goed binnen de topografie van onze omgeving, maar kunnen ons amper iets voorstellen bij de baan van een planeet in het ruimte-tijdcontinuüm. Gebeurtenissen op een schaal aangepast aan onze zintuigen zijn tot op zekere hoogte bevattelijk, maar om het gedrag van elementaire deeltjes te begrijpen, moeten we naar ingewikkelde wiskunde en wetenschap grijpen. We leren relatief gemakkelijk over de taxonomie van planten en dieren om ons heen, maar inzicht verwerven in de evolutie van het leven over honderden miljoenen jaren is uiterst moeilijk. Ons brein is zo geëvolueerd dat het kan omgaan met min of meer solide objecten op middelgrote schaal en met een zeer kleine kromming van de ruimte-tijd (omdat de massa van de aarde verwaarloosbaar is). Precies daarom kost het zoveel moeite om de fysische processen beschreven in de algemene relativiteitstheorie, met sterke zwaartekracht en aan hoge snelheden, intuïtief te begrijpen.
We staan dus voor de moeilijkheid dat onze hersenen, nog steeds metaforisch gesproken, niet geëvolueerd zijn om ons betrouwbare kennis te bezorgen over fundamentele aspecten van onder meer de kosmologie, de biologie en de psychologie. We beschikken wel allemaal over een intuïtieve kosmologie, biologie en psychologie, en soms klopt die ook, maar vaak ook niet. Onze intuïtieve kosmologie leert ons dat de aarde stilstaat en dat de hemellichamen rond de aarde draaien. Onze intuïtieve fysica blijkt goed aan te sluiten bij de opvattingen van Aristoteles: voorwerpen zijn in rust of in beweging omdat ze een ‘natuurlijke toestand’ en een ‘natuurlijke plaats’ hebben. Geen van die opvattingen is correct. Ons kennisapparaat neemt ook vaak een kortere weg, een shortcut, omdat zoiets handig, snel en efficiënt is. Zo redeneert niemand over de psychologie van zichzelf en anderen in termen van hersencellen, neuronale verbindingen, synapsen of dendrieten. In plaats daarvan plaatsen we een homunculus of een ziel in het lichaam, alsof er een geestelijke piloot in de lichamelijke cockpit zit. We zijn van nature uit intuïtieve, cartesiaanse dualisten met betrekking tot de menselijke psychologie; we maken spontaan het onderscheid tussen lichaam en geest. In werkelijkheid bestaat die piloot niet en is het dualisme een foute visie, zo leren ons de moderne neurowetenschappen.