Aan het eind van de zestiende eeuw vestigde zich in Amsterdam de eerste conversos, die geleidelijk aan openlijk voor hun Jood-zijn uitkwamen. Dankzij hun belangrijke internationale handelsnet, bestaande uit handelskantoren en (familie)relaties in andere delen van Europa en Klein-Azië brachten zij mede Amsterdam tot grote bloei.
Vanaf de vestiging van de ‘Portugese Joden’, zoals de sefardische Joden in Nederland genoemd worden, in Antwerpen, Amsterdam en plaatsen zoals Middelburg en Alkmaar is er sprake van blijvende Joodse aanwezigheid in de Nederlanden.
Dit kwam mede doordat onder invloed van de protestantse opstanden tegen het katholieke Spanje men toleranter werd. Het grondbeginsel van vrijheid van godsdienst werd opgenomen in het verdrag dat bekendstaat als de Unie van Utrecht (1579), waarvan een deel van artikel 13 luidt: ‘dat een yder particulier in sijn religie sal moegen blijven ende dat men nyemant ter cause van de religie sal moegen achterhaelen ofte ondersoucken.’ Toch zou het nog tot 1614 duren voor Amsterdam een verzoek tot het inrichten van een eigen begraafplaats inwilligde: de nog steeds in gebruik zijnde begraafplaats te Oudekerk aan de Amstel.